Die Jahre 1362 und 1634 sind jedoch markante Daten in der Geschichte des Wattenmeeres. Im Januar 1362, bei der sogenannten Zweiten Marcellusflut, wurde das Wattenmeer von einem Sturm heimgesucht, der die Küstenlinie mit einer derartigen Wucht traf, dass Tausende den Tod fanden. Damals wurde die großen Hafenstadt Rungholt zerstört und verlassen. Bei dieser Sturmflut starben so viele Menschen, dass sie auch das „Große Ertrinken“ genannt wurde. Die Überlebenden begannen, dort Deiche zum Schutz vor den Sturmfluten des Winters zu bauen, wo sie zuvor meist dem Schutz der Sommerweiden vor Salzwasser gedient hatten. Die Burchardiflut im Oktober 1634 zerstörte u. a. die Insel Strand, während das Fischerdorf Sønderside ganz aufgegeben werden musste. Aus den Nachwehen der Katastrophe entstand die Halbinsel Skallingen. Zeitgenössische Schreckensberichte dokumentieren diese Sturmflut, deren Wasserstand vielerorts an den Sturmflutsäulen markiert ist.
Moderne Deiche
Seedeiche wurden zum Schutz vor Sturmfluten gebaut. Der erste wurde bereits im Mittelalter in der Tøndermarsch gebaut, während die meisten der heutigen Deiche in Dänemark aus den letzten 150 Jahren stammen. Die modernen Deiche wurden breit und mit flacher Böschung zum Meer angelegt, so dass die Energie aus den Wellen der Sturmflut langsam abgebaut wird. Gleichzeitig bedeutet der breite Deichfuß, dass der Deich widerstandskräftiger ist, wenn das Wasser gegen den Deich drückt. Heute gibt es fast überall entlang der insgesamt 500 km langen Strecke an der Wattenmeerküste von Dänemark im Norden bis in die Niederlande im Süden Deiche. Nur um die Ho Bugt, wo die Moränenhügel bis zum Wattenmeer reichen, gibt es keine Deiche.
Tausende evakuiert
In neuerer Zeit haben drei Sturmfluten die Widerstandfähigkeit der Deiche in Frage gestellt.